Le 23 juin 1992 Gotti a été condamné à l'emprisonnement à vie sans possibilité de liberté conditionnelle. On a supposé que Gotti purgerait sa peine dans la nouvelle prison fédérale de « supermax » à Florence au Colorado, mais à la place il a été envoyé dans la prison la plus ancienne des Etats-Unis à Marion, Illinois, où il a été maintenu dans une cellule pendant 23 heures par jour. Sa cellule était souterraine et mesurait huit pieds par sept pieds. On lui a permis hors de sa cellule pendant une heure par jour pour l'exercice solitaire dans une clôture concret-murée. On lui a permis deux douches par semaine, une radio et un petit téléviseur en noir et blanc dans sa cellule. Des repas ont été fournis à sa cellule par une fente dans la porte. En d'autres termes, il était dans l'emprisonnement solitaire virtuel. Tandis qu'à Marion il avait été confiné avec les espions condamnés Jonathan Pollard et Christopher Boyce. Quatre jours après que John Gotti fût emprisonné à Marion, son père John Gotti Sr. est mort d'un arrêt du c½ur à l'âge 85 ans. Gotti a nommé son fils de caporegime, John Gotti Jr., le patron temporaire de la famille, a été aidé par un comité de trois-capitaine à courir la famille.