Gotti était depuis longtemps sous la surveillance électronique intense courue par le FBI. Son club, téléphones, et d'autres endroits des affaires tous ont été désinsectisés. Pour venir à bout ceci, il a tenu des réunions tout en descendant la rue et les bandes fortes jouaient du bruit blanc. Par la suite le FBI l'a attrapé sur bande dans un appartement au-dessus du club discutant un certain nombre de meurtres et d'autres activités criminelles. Le FBI a également attrapé Gotti dénigrant ses underboss Salvatore « Sammy The Bull » Gravano. Le 11 décembre 1990 les agents de FBI et les détectives de New York City ont pillé le club social de Ravenite et ont arrêté Gotti, Gravano, Frank Locascio, et Thomas Gambino. Le jour après le New York Times a comporté sympathiser éditorial avec Gotti au-dessus de l'arrestation. Gotti a été chargé de 13 comptes de meurtre, conspiration pour commettre le meurtre, le prêt à taux d'usure, racket, obstruction de justice, jeu illégal, évasion fiscale, et, pour la première fois, il a été chargé du meurtre de Paul Castellano et de Thomas Bilotti. L'évidence du procureur fédéral accablait. Non seulement ont-ils Gotti sur bande, ils ont également eu plusieurs témoins à témoigner contre Gotti. Philip Leonetti, d'anciens underboss de la famille de crime de Philadelphie a été préparé à témoigner que Gotti s'est vanté aux chefs du crime de Philadelphie qu'il avait commandé l'exécution de Castellano. Les procureurs ont également persuadé Gravano pour témoigner contre son patron avec la promesse du programme de protection de témoin. Le 2 avril 1992, après seulement 13 heures de délibération, le jury a trouvé Gotti coupable sur chacun des 13 faits. Pendant l'épreuve, des foules recueillies en dehors du tribunal pour soutenir Gotti, et la cour ont été remplies de spectateurs comprenant Peter Gotti, Annabella Gotti, Victoria Gotti, Lidianna Gotti, John "Jackie Nose" D'Amico, et célébrités comme Jay Black et Mike Rourke.