En 1960, Gotti rencontre Victoria DiGiorgio, et se sont mariés le 6 mars 1962. Ils ont eu cinq enfants ensemble, Angela « angel » Gotti, Victoria Gotti, John A. Gotti, Frank Gotti et Peter « Pete » Gotti. John et sa famille ont vécu sur la 85th rue à Howard Beach, NY. Selon de nombreuses sources, Gotti a eu deux enfants illégitimes, Annabella « Anna » Gotti et Lidianna « Linsay » Gotti, au court d'une liaison avec Shannon Connelly de Staten Island,l'épouse d'un soldat de Gambino, ED Grillo. Suite à l'assassinat de Shannon en 1974, Gotti et son épouse DiGiorgio eurent la garde d'Annabella et Lidianna.